（一）研发活动难以认定。
研发费用加计扣除政策的管理全部由税务部门实施。但税务机构因缺乏研发领域的专家，难以准确认定企业的研发活动。例如企业是否通过研究开发活动在技术、工艺、产品（服务）方面的创新取得了有价值的成果，是否对本地区相关行业的技术、工艺领先具有推动作用。
（二）研发费用难以准确归集。
准确核算和归集研发费用，是企业享受加计扣除政策的前提条件。在实际执行中，对于一些尚未设立专门研发机构或者研发机构同时承担生产经营业务的企业，根据《企业研究开发费用税前扣除管理办法》要求，对能够分开核算，属于研发性质的费用支出也可以加计扣除。但划分是否合理、准确，征纳双方都难以确定。
（三）委托研发费用真实性难以核实。
《企业研究开发费用税前扣除管理办法》规定，对企业委托给外单位进行开发的研发费用，受托方应提供该研发费用支出明细情况。但受托方提供资料的真实性难以保证。税务部门如果不进行延伸检查，就无法辨别真实性。特别是当受托方为异地注册的企业，税务部门要受行政管辖权的限制。
产生上述问题的原因是多方面的。除了研发活动认定难度较大，研发费用加计扣除政策比较复杂以外，还有纳税人的自律意识比较谈薄、税务师事务所的鉴证作用没有充分发挥等因素，更重要的是有些税务部门掌握政策的尺度偏宽，对企业申报资料的审核，往往采取“形式重于实质”的办法，主要依赖税务师事务所的鉴证报告，监管力度不够，影响政策执行的效果；
